これは９９６だからという訳ではなく、水冷の車全般に言える事ですが、ウォーターポンプの交換が定期的に必要です。
ダメになってくると↑↑↑この付近から冷却水が漏れてきます。
ウォーターポンプ自体の値段が５～６万円ほどで、ガスケットや工賃等々入れると大体１０～１１万円程度の出費になるので結構痛いのですが、経年劣化してくるとどんな車でも交換が必要なので諦めるしかありません。（苦笑）
ただし気を付けないといけないのが、社外品の安価な粗悪品と言ってもいいようなパーツが２万円程度で出回っているので、それは使わないほうが良いと思います。
ウォーターポンプのパーツ代をケチって粗悪品で修理してしまうと、１～２年もすればまた水が漏れてきて再度交換が必要になったという事例をよく耳にしますので、注意したほうがいいと思います。